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Las orillas del lago se encuentran pobladas por especies vegetales de lugares húmedos como los arrayanes y pataguas, árboles semipalustres que forman parte del bosque andino patagónico.
En los acantilados de algunas islas del lago Nahuel Huapi existe una población de cormorán imperial, hecho curioso ya que se trata de una especie preferentemente marina. Es frecuente también encontrar a la exótica gaviota cocinera siguiendo las embarcaciones.
